Оно имеет украинское происхождение и восходит к слову «голота». Голота занималась рыболовным промыслом в низовьях Днепра и Южного Буга. Менее вероятной представляется другая гипотеза, согласно которой, фамилия Голота ведет свое начало от названия небольшого двухмачтового судна голет. В таком случае предок обладателя этой фамилии был судостроителем или работал на голете.