Фамилия Голотины образована от прозвища Голота, которое напрямую связано с украинским словом «голота». В народной речи так называли бедного, неимущего человека, «голяка». Эта версия — основная и самая правдоподобная: прозвища, указывающие на социальное или имущественное положение, давали часто и охотно, они легко закреплялись за родом. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Голотин буквально означает «сын Голоты» или «из семьи Голоты».

Менее убедительна гипотеза, связывающая фамилию с названием двухмачтового парусного судна — голет. Согласно этой версии, предок мог быть судостроителем или матросом на таком судне. Однако слово «голет» — заимствование из западноевропейских языков (нидерл. galeet, фр. galette) и в русских говорах было редким, малопонятным для крестьянской среды. Прозвище от него могли дать разве что в приморских регионах, но массового распространения такая модель не получила. Поэтому версия с «голетом» остаётся на периферии.

Сама фамилия Голотины — яркий пример того, как прозвище, данное одному человеку, превращалось в родовое имя. В документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные фамилии — Голота, Голотюк, Голотенко, что подтверждает широкое бытование основы. Точное место возникновения фамилии Голотин установить сложно: процесс становления фамилий растянулся на столетия, и одна и та же фамилия могла независимо появиться в разных губерниях. Однако, учитывая украинский корень прозвища, наиболее вероятны южнорусские и малороссийские земли.