Фамилия Гапусенко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко. Суффикс -енко, характерный для Поднепровья и Левобережной Украины, изначально означал «маленький» или «сын» (сравните с русским -ович). Таким образом, Гапусенко — буквально «сын Гапуса» или «маленький Гапус». В основе лежит прозвище Гапус, которое образовано от имени Гапа — просторечной формы канонического имени Агапий (от греческого «агапе» — любовь). На Украине имя Агапий часто трансформировалось в Гапка, Гапа, а от них возникли и фамилии-«отчества».

Интересно, что, в отличие от более распространённых фамилий на -енко (Шевченко, Коваленко), Гапусенко встречается реже и имеет более узкую географию. Основной ареал — Полтавская, Черкасская и Кировоградская области. В этих местах в XIX веке прозвище Гапус могло закрепиться за человеком не только по имени отца, но и по какой-то характерной черте — например, за тем, кто часто поминал Агапия в речи. Встречается и более редкая параллельная версия: Гапус — это искажённое «капус» (от латинского caput — голова), но она менее убедительна, так как для украинской ономастики характерна именно связь с личным именем.

Социальный состав носителей фамилии типичен для украинского крестьянства и казачества: Гапусенко не принадлежали к дворянству, а были преимущественно свободными хлеборобами или ремесленниками. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не встречается за пределами Малороссии, что подчёркивает её локальный характер. Сегодня Гапусенко — редкая фамилия, сохранившая память о старом украинском имени Агапий, которое почти вышло из употребления.