Фамилия Ганусенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко. В ономастике этот суффикс называют «патронимическим»: он буквально означает «маленький», «сын такого-то». Первоначально Ганусенко — это «сын Гануса». Если фамилия образована прямо от имени, то её носитель — потомок человека по имени Ганус.

Сама основа Ганус — это, скорее всего, народная, разговорная форма крестильного имени Иоанн (Иван). Украинский язык дал множество производных: Иван → Іванусь → Ганус. Вариант с начальным «Г» вместо «І» — не ошибка, а диалектная черта: в западных и некоторых южных говорах звук «г» произносится как фарингальный (фрикативный), и имя Иван могло звучать как «Гиван», «Ганус». Менее вероятная, но возможная версия — польское влияние, где Jan (Ян) в уменьшительной форме мог дать Janus, а на украинской почве «Я» перешло в «Га» (Ганус).

Таким образом, Ганусенко — это «Иванович» в украинском звучании. Фамилия распространена в центральных и западных областях Украины, особенно в бывших землях Подолья и Волыни. В России встречается редко, в основном как результат миграции XX века.

Род занятий предка по фамилии не определяется — она говорит только об имени отца. Но сам факт, что фамилия образована не от прозвища или ремесла, а от канонического имени в народной форме, указывает на то, что предки были православными (или греко-католиками) и принадлежали к крестьянской или казацкой среде, где такие «уличные» фамилии на -енко закрепились в XVI–XVII веках. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.