Фамилия Гануско — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание суффиксом. В русском языке окончание -о в фамилиях встречается реже, чем привычные -ов или -ин, и чаще всего указывает на украинское или белорусское происхождение. Именно там формант -ко (в разных фонетических вариантах, включая -ско) был чрезвычайно продуктивен. В данном случае перед нами, скорее всего, украинская фамилия, образованная от имени или прозвища Ганус.

Основа Ганус — это народная, разговорная форма канонического имени Иоанн, которое в русской традиции дало Ивана, а в украинской — Ивана и множество уменьшительных вариантов: Ганус, Ганусь, Гануся. Суффикс -к- в украинских фамилиях часто выполнял роль патронимического показателя, то есть «сын Гануса» или «потомок Гануса». Финальное -о закрепилось как типичное окончание украинских фамилий (ср. Шевченко, Коваленко, Гриценко). Таким образом, Гануско буквально означает «маленький Ганус» или «потомок Гануса».

Версия о польском следе менее вероятна, но не исключена. В польском языке существует фамилия Hanusko, которая могла возникнуть от имени Hanusz (также производное от Jan). Однако в польской ономастике суффикс -sko встречается реже, чем в украинской, и чаще указывает на прозвище, а не на прямое родство.

Географически фамилия Гануско тяготеет к западным и центральным областям Украины, а также к югу Беларуси. В России она редка и встречается в основном в местах переселения украинцев в XIX–XX веках — на Кубани, в Поволжье, в Сибири. Социально носители фамилии, вероятно, происходили из крестьянской или казачьей среды, где патронимические фамилии на -ко были нормой.

Что касается ударения, то в русском языке его чаще ставят на последний слог — Гануско́, хотя в украинском языке оно могло падать и на второй: Гану́ско. Второй вариант встречается реже, но не ошибочен.