Фамилия Ганусина — женская форма, а мужская, Ганусин, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Ганусин, то есть сын, потомок человека по имени или прозвищу Гануся.

Основа фамилии — Гануся. Это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Ганна. Ганна — народный, украинский и белорусский вариант канонического имени Анна (от древнееврейского «благодать»). В русской среде имя Ганна тоже встречалось, но реже, чем в южнорусских и западных землях. Соответственно, Гануся — это ласковое обращение к Анне или Ганне, вроде Аннушка, Ганечка, но с характерным для западных говоров окончанием -уся. Такие формы (Манюся, Танюся, Ванюся) типичны для диалектов, где мягкость и ласкательность передавались через суффикс -ус-.

Таким образом, Ганусин — это буквально «сын (или потомок) Гануси». Изначально фамилия могла закрепиться за человеком, которого в семье или в деревне называли по матери: если мать звали Ганной, а в быту — Ганусей, то её ребёнка могли прозвать Ганусин сын. Со временем прозвище стало фамилией.

Географически фамилия Ганусин (и Ганусина) тяготеет к западным регионам России, а также к Украине и Беларуси. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, фамилия возникла в одной или нескольких соседних местностях и не получила широкого распространения по всей стране. В дореволюционных источниках Ганусины могли числиться среди крестьян или мещан — суффикс -ин в фамилиях такого типа часто указывает на непривилегированное сословие, где фамилии образовывали от имён матерей или бабушек (так называемые матронимы). Впрочем, точных данных о сословном составе носителей нет.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Ганущенко, Гануля, Ганусевич — подтверждает, что все они восходят к одному корню: имени Ганна. Но именно форма Ганусин/Ганусина сохранила самую непосредственную, бытовую ласку, почти домашнее прозвище, которое столетиями носило имя человека.