Фамилия Гарайханов происходит от азербайджанского мужского имени Гарахан, в основе которого лежит тюркское «гара» — «великий, могучий» и «хан» — титул верховного правителя. Таким образом, имя Гарахан означает «великий хан», что указывает на высокий статус или знатное происхождение первого носителя. Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, типичной для многих тюркских фамилий, адаптированных в русской среде. Встречается преимущественно среди народов Кавказа и Поволжья, где были распространены тюркские имена с компонентом «хан». Интересно, что написание «Гарайханов» может быть вариантом более старой формы «Гараханов»: в некоторых диалектах звук «х» смягчается или переходит в «й» перед гласным, что и закрепилось в документах. Если в основе лежало прозвище, а не имя, то «Гарахан» могло означать «черный хан» (по цвету волос или одежды), но версия с переводом «великий хан» считается более правдоподобной, так как имя Гарахан встречается в исторических источниках как личное имя, а не прозвище. Сословная принадлежность предков Гарайхановых могла быть разной: от сельских старост до мелких землевладельцев, но точных данных нет.