Фамилия Гатунок — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти полностью вытеснило исходное имя. Её носители, скорее всего, происходят с запада России или из Беларуси: суффикс -ок характерен для восточнославянских фамилий, образованных от прозвищ, но не от крестильных имён (как, например, в фамилиях Иванов или Петров).

Корень «гатун» не имеет прямых параллелей в литературном русском языке. Самая вероятная версия — происхождение от диалектного глагола «гатить» (мостить дорогу, заваливать ямы хворостом) или «гатовать» (в некоторых говорах — «наносить, складывать»). Прозвище Гатун мог получить человек, который прокладывал гати через болота, либо тот, кто делал настилы и накаты. Работа эта была тяжёлой и требовала силы, поэтому прозвище могло закрепиться за плотником или дорожным рабочим. Суффикс -ок в финале — уменьшительно-ласкательный, он превращал прозвище в фамилию по модели «чей?»: Гатунок — потомок Гатуна.

Менее убедительна версия о связи с литовским «gatvė» (улица) или польским «gatunek» (сорт, вид). В первом случае фамилия указывала бы на жителя улицы, во втором — на человека, определявшего качество товара, но обе гипотезы не подкреплены распространённостью фамилии в польских и литовских документах. Гатунок — типично восточнославянский отантропонимический вариант, и его ареал ограничен в основном белорусскими землями.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных Гатунок фиксируется единичными случаями, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного основателя в конкретной деревне. Сословной принадлежности предков определить не удаётся: прозвище Гатун могло возникнуть и у крестьянина, и у ремесленника, но точно не у дворянина, так как фамилии на -ок редко встречаются в высших слоях.

Ударение в фамилии, судя по модели, падает на последний слог: Гатунóк. В белорусском произношении возможен вариант с «а» под ударением: Гату́нак, но это уже вопрос местного говора.