Фамилия Гатун звучит необычно для русского уха, и это не случайность. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, а значит, её происхождение лежит за пределами основной массы русских фамилий. Скорее всего, перед нами украинская, белорусская или польская фамилия, образованная напрямую от прозвища или имени без дополнительного оформления.

Самая вероятная версия связывает фамилию с украинским или польским словом «гат» (hat), что означает «плотина», «насыпь», «гать» — настил из брёвен или хвороста для проезда через болото. В этом случае прозвище Гатун мог получить человек, который строил такие гати, жил возле них или отвечал за их содержание. Суффикс -ун в украинском и белорусском языках — активный словообразовательный элемент, который указывает на деятеля (ср. «бігун» — бегун, «стрибун» — прыгун). Таким образом, Гатун — это «тот, кто делает гать» или «живущий у гати».

Существует и другая, менее распространённая гипотеза: основа могла восходить к личному имени Гат, которое является краткой формой от крестильного имени Гавриил или Герасим в западнорусских говорах. В таком случае фамилия Гатун — это патроним, образованный с помощью того же уменьшительно-ласкательного суффикса -ун, который придавал значение «сын Гата» или «маленький Гат». Однако первая версия — профессионально-топографическая — выглядит более убедительной, так как прозвищная модель с суффиксом -ун для обозначения ремесла была очень продуктивна на землях современной Украины и Беларуси.

Географически фамилия Гатун встречается преимущественно на западе Украины, в Беларуси и в восточных воеводствах Польши. В Россию она могла попасть с волнами переселений в XIX—XX веках. Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или казачьим: строительство гатей — работа тяжёлая и низовая, не дворянская. Встречаются также варианты написания Гатунь или Гатунн, но классическая форма — с одной «н» на конце.