Фамилия Готун — редкий пример, когда основа почти наверняка не славянская, а прозвищная, но с очень прозрачной внутренней формой. В отличие от большинства фамилий на -ун (Болтун, Скакун, Ворчун), которые образованы от глаголов, здесь корень скорее всего восходит к глаголу «готать» — диалектному слову, которое в южнорусских и украинских говорах означало «кричать, шуметь, гоготать» (о птицах или людях). Прозвище Готун могли дать крикливому, шумному человеку, любителю громко разговаривать или покрикивать. Вторая, менее вероятная версия — от «готать» в значении «спешить, торопиться» (в некоторых говорах «готнуться» — поторопиться). Тогда Готун — торопыга.

Суффикс -ун в русских фамилиях — активная модель, но фамилия Готун встречается значительно реже, чем, например, Говорун или Хохотун. Это говорит о том, что прозвище было локальным, привязанным к узкому диалектному ареалу. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые «застывали» в форме притяжательного прилагательного, фамилия Готун сохранила чистую форму прозвища — так называемая «усечённая» или «прозвищная» модель, когда фамилия совпадает с самим прозвищем без добавления суффикса принадлежности. Такие фамилии чаще встречались на Украине и в южных регионах России, где не было жесткой нормы оформлять фамилии через -ов.

С точки зрения социального контекста, Готун — это фамилия, которая изначально была личным прозвищем, данным по поведению. Никакой географической привязки к конкретному княжеству или городу нет — она могла возникнуть в любой крестьянской или казачьей среде, где диалектное слово «готать» было в ходу. В документах фамилия не фиксируется широко, что типично для прозвищ, не ставших помещичьими или боярскими.

Если отталкиваться от сравнения, то фамилия Готун стоит в одном ряду с Говоруном, Свистуном, Перуном (от «перунить» — бить, колотить), но с той разницей, что её корень более тёмный для современного уха. Носителю фамилии стоит знать: его предок был, скорее всего, человеком с громким голосом и живым нравом, а сама фамилия — редкий образец того, как диалектное слово, не попавшее в литературный язык, сохранилось в родовом имени.