Фамилия Гатупова — женская форма фамилии Гатупов, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как именно он хранит ключ к происхождению. Гатупов — фамилия редкая, и её корень не лежит на поверхности, что делает её особенно интересной для этимологического анализа.

Скорее всего, основа «Гатуп» — это русифицированная форма тюркского или кавказского имени или прозвища. Суффикс «-ов» указывает на стандартную русскую модель образования фамилий (чей? — Гатупов), что говорит о том, что носитель фамилии или его предки жили в русскоязычной среде, но их родовая кличка имела иноязычные истоки. В тюркских языках, например, есть корень «гат» или «кат», означающий «твёрдый», «крепкий», «суровый», а «уп» может быть окончанием или частью сложного слова. Встречается и версия, что «Гатуп» — это искажённое арабское имя «Гатаулла» (милость Аллаха), которое в бытовой речи могли сократить до «Гатуп», добавив русский суффикс.

Географически фамилия Гатуповых тяготеет к регионам с сильным тюркским и кавказским влиянием — Поволжье, Северный Кавказ, Закавказье. Однако встречается она и в центральной России, что может говорить о миграции предков. В отличие от фамилий, образованных от профессий или названий животных, эта фамилия почти наверняка ведёт род от личного имени или прозвища первого носителя. Сословная принадлежность здесь неочевидна: фамилия могла возникнуть и в крестьянской среде, и среди служилых людей, контактировавших с инородцами.

Уникальность фамилии в том, что она демонстрирует процесс «обрусения» чужого имени: тюркское или кавказское прозвище получило чисто русский патронимический суффикс. Если сравнивать с однокоренными, то можно вспомнить фамилии Гатауллин, Гатаев, Гатуев — они все держатся на одном корне «гат», но различаются суффиксами, показывая, в какой среде происходила адаптация. Гатупов — один из самых «славянизированных» вариантов в этом ряду.