Фамилия Гатупов — редкий пример фамилии, образованной от прозвища, которое почти наверняка связано с тюркским корнем «гатуп» или «гатуплы». В тюркских языках, особенно в кумыкском и ногайском, слово «гатуп» (варианты: «гатып», «хатып») означает «покупатель» или «торговец», а в более широком смысле — «скупщик», «торгаш». Прозвище Гатуп могли дать человеку, который занимался перепродажей товаров, скупкой скота или зерна — типичное занятие для степных и предгорных регионов Северного Кавказа, откуда, скорее всего, и происходит фамилия.

География фамилии указывает на её северокавказское происхождение. Гатуповы встречаются преимущественно в Дагестане, Чечне и Ставропольском крае, реже — в других регионах России. Словообразовательная модель проста: к тюркской основе «гатуп» прибавлен русский патронимический суффикс «-ов», который в XIX–XX веках массово присоединялся к фамилиям народов Кавказа при оформлении документов. Таким образом, фамилия буквально означает «сын Гатупа» или «из рода Гатуповых».

Есть и более редкая версия, связывающая фамилию с арабским «хатиб» (проповедник, оратор), которое через тюркское посредничество могло трансформироваться в «гатуп». Но эта гипотеза слабее: фонетический переход «хатиб» → «гатуп» менее естественен, чем прямая связь с торговым прозвищем. Кроме того, для Северного Кавказа прозвища, связанные с ремеслом или торговлей, типичнее, чем с религиозной должностью.

В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в конце XIX — начале XX века, когда горцы получали российские паспорта и фамилии записывали по русскому образцу. Сословно Гатуповы могли быть как вольными крестьянами, так и узденями (свободными общинниками) — чёткой привязки к одному сословию нет.

Если сопоставить с однокоренными фамилиями, то Гатупов стоит в одном ряду с Гатауовым, Гатуевым, Гатунковым — все они образованы от тюркских корней, связанных с торговлей или именованием. Но именно форма «Гатупов» с суффиксом «-ов» — самая русифицированная, что выдает её позднее происхождение в условиях российской бюрократии.