Фамилия Гавдэра — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она имеет искусственное, книжное происхождение и связана с духовным сословием. В основе лежит греческое слово «авдира» (Άβδηρα) — название древнего фракийского города Авдиры, родины философа Демокрита. В русской семинарской традиции фамилии нередко образовывали от названий античных городов или имён античных героев. Приставка «Гав-» могла возникнуть как искажение или переосмысление: например, от слова «гав» (звукоподражательное) в шутливом прозвище, которое позже «облагородили» под античное звучание, или как вариант написания с протетическим звуком «г» перед начальной гласной — явление, встречающееся в южнославянских и некоторых русских говорах (сравните «гавтомобиль» в просторечии). Таким образом, Гавдэра — это, вероятно, «исправленная» или «переделанная» фамилия, которую дали выпускнику духовной семинарии по названию города Авдира. Вторая, менее вероятная версия — происхождение от прозвища Гавда (возможно, от украинского или белорусского «гавдати» — болтать, говорить невнятно, или от «гав» — собачий лай). В этом случае суффикс -эра нехарактерен для русских фамилий и указывает на искусственное, книжное оформление, что снова возвращает нас к семинарской среде. Фамилия не имеет географической привязки к какому-либо одному региону России — её носители встречаются единично, что подтверждает её искусственный, а не крестьянский или дворянский характер. По сословной принадлежности предки Гавдэра с высокой долей вероятности были выходцами из духовенства, получившими «кабинетную» фамилию в стенах училища или семинарии.