Фамилия Гайбадулин происходит от мужского тюркского имени Хайбулла. В переводе с арабского оно означает «секрет Аллаха, тайна, которой ведает Аллах». В основе фамилии лежит диалектный вариант этого имени — Гайбадул. Такое фонетическое изменение — замена начального «х» на «г» — типично для многих тюркских говоров, особенно в башкирской и татарской среде. Именно эта народная форма и стала основой для фамилии, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Гайбадула».

Есть и вторая версия. Согласно ей, в основе лежит не Хайбулла, а имя Габдулла (от араб. «раб, слуга Аллаха»). Диалектный вариант Гайбадул мог возникнуть как стяжение или перестановка звуков в устной речи. Обе гипотезы правдоподобны, но первая — от Хайбуллы — встречается в ономастических словарях чаще. В любом случае, корень фамилии — арабский, пришедший в тюркские языки вместе с исламом.

Фамилия типична для татар и башкир, особенно распространена в Башкортостане и Оренбургской области. Встречается и в других регионах Урало-Поволжья, где издавна живут тюркоязычные народы. По модели образования (тюркское имя + русский патронимический суффикс -ин) Гайбадулин — одна из множества фамилий, возникших в XV–XIX веках, когда русская административная система фиксировала родовые прозвания по отцу.

Редкость фамилии в том, что исходное имя Хайбулла само по себе нечастое, а его диалектная форма Гайбадул почти не сохранилась в документах как самостоятельное имя. Поэтому фамилия Гайбадулин — почти единственный след этой народной версии имени.