Фамилия Гайдухин образована от прозвища Гайдуха, которое, скорее всего, восходит к нарицательному «гайдук». Позднее у венгров гайдуками назывались легко вооруженные пехотинцы. А в дореволюционной России именование Гайдук мог получить выездной лакей высокого роста одетый обычно в венгерский или казачий костюм. Вполне вероятно, что основатель рода Гайдухиных был участником движения против турецкого владычества. Не исключено также, что прозвище Гайдуха относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности основателя фамилии: он мог быть военным или лакеем. Кроме того, у южных и западных славян нарицательное «гайдук» имело значение «род народной пляски». Поэтому прозвищем Гайдухой могли называть и того, кто лучше всех танцевал. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гайдуха, со временем получил фамилию Гайдухин.