Фамилия Гайдушин — одна из тех, что образована не напрямую от названия профессии или личного имени, а от прозвища, которое успело обрасти суффиксом до того, как стать фамилией. В её основе лежит слово «гайдук» (или «гайдамак»), но с важной оговоркой: в русской ономастике фамилии на -ушин, -юшин часто указывают на то, что прозвище сначала получило уменьшительную форму (Гайдуш, Гайдуха), а уже потом к ней добавили типичный русский фамильный суффикс -ин. То есть Гайдушин — буквально «сын Гайдуша».

Сам корень «гайд» в славянских языках имеет два основных значения. Первое — историческое: гайдуками в XVII–XIX веках называли участников антитурецких восстаний на Балканах, а также вольных повстанцев или разбойников. Второе — бытовое: в южнорусских и украинских говорах гайдуком могли прозвать рослого, сильного человека, ловкого в драке или склонного к удальству. В некоторых регионах (например, на Дону) так называли слугу или выездного лакея, что тоже отразилось в фамилиях. В случае с Гайдушиным наиболее вероятна версия прозвища по характеру или внешности — уменьшительная форма «Гайдуш» звучит скорее ласково-иронически, чем грозно.

С точки зрения ареала, фамилия Гайдушин тяготеет к южным областям России — Воронежской, Ростовской, Волгоградской, где пересекались русские и украинские диалекты. Встречается она реже, чем вариант Гайдуков, что объясняется разными моделями образования: -ов типичен для центральных и северных земель, -ин — для юга и запада. В словарях фамилию не фиксируют как частотную, но она устойчиво держится в этих краях уже не одно столетие.

Любопытно, что написание с «а» в первом слоге (Гайдушин, а не Гойдушин) указывает на южнославянское или украинское происхождение слова, где «гай» означает «роща», «лесок». Гайдук — это буквально «лесной человек», что хорошо согласуется с образом вольного стрелка или беглеца. Однако для фамилии эта связь уже вторична: прозвище давно перестало ассоциироваться с лесом и закрепилось за конкретным родом.