Фамилия Гайдушняк — редкий пример, когда исходное прозвище «обрастает» сразу двумя суффиксами, каждый из которых меняет его значение. Основа здесь — прозвище Гайдуш, а суффикс -няк (сравните: Гайдуш → Гайдушняк) в восточнославянских фамилиях часто указывает на принадлежность к группе людей или на характерный признак. Буквально: «тот, кто из рода Гайдушей» или «похожий на Гайдуша». Такая модель встречается реже, чем простые патронимы на -ов/-ев, поэтому фамилия хорошо сохраняет память о прозвище предка.

Само прозвище Гайдуш — южнославянского или венгерского следа. В его основе лежит слово «гайдук» (от венгерского hajdú — «пехотинец»). В XVI–XIX веках так называли повстанцев, которые вели партизанскую войну против османского владычества на Балканах. Образ гайдука стал романтическим символом свободы: его воспевали поэты, в том числе Александр Пушкин в стихотворении «Гайдук Хирзич». Однако в быту слово быстро обросло переносными смыслами. В России и на Украине гайдуком могли назвать рослого слугу в богатой одежде, батрака, силача или, наоборот, задиристого и дерзкого человека.

Кроме того, существует версия, связывающая прозвище с южнорусскими глаголами «гайдать» (бегать, шататься) или «гойдать» (качать, колыхать). Если это так, то Гайдушем прозвали непоседливого или праздного человека, который «шатается без дела». Однако славянская ономастика чаще склоняется к версии с «гайдуком»: слово было широко распространено в документах Литвы, Польши и Венгрии, а глагольная основа встречается реже и не даёт такого разнообразия социальных оттенков.

Фамилия Гайдушняк — украинская или польская по месту бытования (суффикс -няк типичен для западных регионов Украины и юго-востока Польши). Она стоит в ряду однокоренных фамилий: Гайдук, Гайдуков, Гайдученко, Гайдуш, Гайдукевич. Но именно форма на -няк выдаёт более конкретную географию — скорее всего, предки носителя фамилии жили на территории современной Западной Украины (Волынь, Галичина) или в приграничных с Польшей районах. В этой местности прозвище Гайдуш могло закрепиться за человеком, который либо сам был потомком гайдука, либо унаследовал от отца черты, за которые того прозвали — рост, силу или бойкий нрав.