Фамилия Гайдуков происходит от прозвища Гайдук, которое в разных славянских культурах имело несколько значений, и все они могли лечь в основу фамилии. Чаще всего Гайдаком называли воина или ратника — в частности, так именовали повстанцев, боровшихся против османского владычества на Балканах. Однако в России и Польше это же слово могло означать и слугу знатного вельможи, так называемого «запяточника», который стоял на запятках кареты. Есть и третий, бытовой вариант: у южных и западных славян «гайдук» — это народная пляска, и прозвище мог получить тот, кто танцевал лучше всех.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть Гайдуков — это «сын Гайдука» или «потомок человека по прозвищу Гайдук». Фамилия закрепилась в разных регионах, но особенно часто встречается на юге России и в областях, граничащих с Украиной и Беларусью, что объясняется культурным влиянием казачьей и польской традиций, где слово «гайдук» было распространено.

Споров между версиями происхождения нет: все три значения исторически засвидетельствованы, и каждая могла дать начало фамилии в зависимости от того, кем был предок — воином, слугой или плясуном. Выбирать одну из них как единственно верную не стоит: в разных семьях Гайдуковых корень мог быть разным.