Фамилия Гайнатов ведет начало от тюркского имени Гайнат. Оно, в свою очередь, восходит к арабскому «гайнат» — «богатство», «ценность», «сокровище». В мусульманских культурах имена с таким корнем нередко давали с пожеланием достатка и благополучия, но в данном случае имя могло нести и духовный оттенок — «драгоценный», «ценный для семьи». Основа фамилии — личное мужское имя, а не прозвище или род занятий.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий тюркского происхождения: к основе Гайнат добавили патронимический суффикс -ов, который в русском языке закрепился как стандартный способ образования фамилий от имен и прозвищ (ср. Иванов, Петров). Таким образом, Гайнатов буквально означает «сын Гайната» или «потомок Гайната». Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Гайна́тов.

Географически фамилия распространена в регионах с татарским и башкирским населением, а также среди других тюркских народов России. Встречается она и в среде кавказских народов, где имя Гайнат (или Гайнатдин) тоже известно. Сословно носители фамилии, как правило, относились к крестьянству или мещанству — фамилия не указывает на дворянское происхождение или принадлежность к духовенству, хотя само имя могло быть дано в религиозной мусульманской среде.

Любопытная деталь: в некоторых регионах фамилия могла записываться как Гайнатов, Гайнатов или даже Гайнатов — из-за особенностей местного произношения или неграмотного написания в метрических книгах. Вариант с окончанием -ов, а не -ев, указывает на твердый согласный в основе, что типично для тюркских заимствований. Встречается и родственная фамилия Гайнатуллин, где суффикс -уллин выдает арабское влияние (от «улла» — «Бог»), но Гайнатов — более «обрусевшая» форма.