Фамилия Гайнатулин — яркий пример того, как арабское имя, пройдя через тюркскую языковую среду, закрепилось в русской фамильной модели. Её основа — мужское имя Гайнатулла, которое в переводе с арабского означает «богатство Аллаха» или «драгоценность Аллаха» (гайна — «богатство», «драгоценность»; Аллах — имя Бога). Имя это распространено у татар, башкир, а также у народов Кавказа и Средней Азии, исповедующих ислам.

Фамилия образована по типичной для русского языка модели: к основе Гайнатул- добавлен суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?»). Получается «сын Гайнатуллы». Такая схема характерна для фамилий, возникших в среде крещёных татар, принявших православие, или же для тех, кто жил в регионах с плотным русско-татарским контактом (Поволжье, Урал, Западная Сибирь). В отличие от чисто татарских фамилий на -ов, суффикс -ин здесь указывает на то, что основа оканчивается на гласный или мягкий согласный (Гайнатулла → Гайнатулин).

Интересно, что в татарской и башкирской среде фамилия могла писаться и как Гайнатуллин — с двойным «л» и окончанием -ин, что точнее передаёт арабскую огласовку (Гайнатулла + ин). Вариант Гайнатулин — это русифицированная форма, возникшая при записи в метрических книгах или при паспортизации, когда чиновник упрощал неудобное для русского уха сочетание. Оба варианта встречаются до сих пор, и это не ошибка, а историческая особенность.

Родственные фамилии — Гайнутдинов, Гайнанов — образуются от других форм того же корня (Гайнутдин — «богатство веры»). Носители фамилии Гайнатулин чаще всего имеют тюркские корни, а их предки, скорее всего, были мусульманами, но сама фамилия закрепилась уже в русскоязычном документообороте, что делает её типичным примером межкультурного ономастического моста.