Фамилия Гайнитдинов происходит от арабского мужского имени Гайнитдин. В переводе на русский оно означает «настоящая, истинная религия» или «наблюдатель религии». Нарекая сына таким именем, родители желали ему стать достойным мусульманином — это прямой и самый распространённый мотив для имён с корнем «дин» (вера).

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе Гайнутдин (в русской записи часто упрощённой до Гайнитдин) добавили русский патронимический суффикс -ов. В тюркской среде, особенно у татар и башкир, фамилии на -ов стали массово закрепляться в XIX — начале XX века, вытесняя старые родовые имена без суффиксов. Так что Гайнитдинов — это буквально «сын (или потомок) Гайнитдина».

У имени есть несколько диалектных вариантов: Айнетдин, Айнук, Кандюк, Кантюк. Последние два звучат неожиданно, но они возникли из-за того, что в устной речи «Гайнетдин» мог стянуться до «Кантюк» — особенно в татарских говорах, где начальный «г» иногда переходит в «к», а мягкое «д» редуцируется. Такие варианты редко становились основой для фамилий, но полностью исключать их нельзя.

Географически фамилия Гайнитдинов встречается почти исключительно в регионах с компактным проживанием татар и башкир: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская, Свердловская области. Родственные фамилии — Гайнуллин, Гайнутдинов (с полной формой имени), Гайниахметов — строятся по той же схеме, но с другим вторым компонентом сложного арабского имени.

Других версий происхождения, кроме как от личного имени Гайнитдин, у фамилии нет — это редкий случай, когда корень не вызывает споров. Никакого прозвищного или профессионального значения у основы не было, она сразу указывала на религиозный контекст.