Фамилия Гайнитдинова образована от мужского имени Гайнитдин, а оно, в свою очередь, восходит к арабскому (и шире — исламскому) имени Гайнутдин. В переводе с арабского это означает «богатство веры» или «помощь религии»: «гайна» — богатство, сокровище, «дин» — вера, религия. Имя было распространено среди народов, исповедующих ислам, особенно у татар и башкир. Фамилия, таким образом, указывает на имя предка, который, вероятно, был набожным человеком или получил имя в честь уважаемого религиозного деятеля.

Словообразовательная модель здесь классическая для тюркских фамилий, русифицированных через суффикс -ов/-ев. Мужская форма — Гайнутдинов, женская — Гайнутдинова. Однако в данном случае мы видим форму Гайнитдинова, где корень «Гайни» может отражать диалектное произношение или упрощение исходного «Гайну». Суффикс -ин в русской патронимической системе указывает на принадлежность: «чей?» — Гайнитдинов, то есть «сын Гайнитдина». Это отличает её от фамилий на -ский, которые обычно указывают на географическое происхождение.

География бытования фамилии плотно привязана к регионам Поволжья и Урала: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская, Самарская области. Встречается она и среди казахских родов, но в русском написании чаще всего фиксируется как татарская или башкирская. Примечательно, что в дореволюционных записях фамилия могла писаться с «ъ» на конце (Гайнитдиновъ) или через букву «у» (Гайнутдинова), что говорит о колебаниях в передаче звуков при переходе из арабской графики в кириллицу.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от мирских прозвищ или профессий, Гайнитдинова — фамилия «именная», то есть она не описывает занятие или внешность предка, а прямо называет его по имени. Это типично для фамилий, возникших в среде, где имя собственное было единственным идентификатором человека, а фамилия закрепилась за потомками лишь в XIX—начале XX века, когда начался массовый учёт населения. Социальный контекст: предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или мещанами, но имя указывает на их принадлежность к мусульманской общине, где ценность религиозного образования была высока.