Фамилия Гайнитдиновы образована от арабского мужского имени Гайнитдин. В переводе на русский язык оно означает «настоящая, истинная религия» или «наблюдатель религии». Нарекая сына таким именем, родители желали ему стать достойным мусульманином, что сразу даёт ключ к пониманию ценностей рода. Имя имеет несколько диалектных вариантов — Айнетдин, Айнук, Кандюк, Кантюк, — что говорит о его широком бытовании в разных тюркских средах.

По словообразовательной модели фамилия относится к самому распространённому в русском языке типу: к основе Гайнитдин добавили суффикс -ов, который в данном случае указывает на принадлежность («сын Гайнитдина»). Это стандартный способ адаптации восточных имён в российской антропонимии.

Корни фамилии уходят в XV–XVII века. Сведения о восточном происхождении родоначальника считаются достаточно точными, поскольку подтверждаются самим именем, которое не было характерно для славян. Проникновению таких основ в русские фамилии способствовал исторический факт: многие дворяне в России были по происхождению нерусскими, в том числе выходцами из Золотой Орды, от печенегов или половцев. Однако, в отличие от знатных татарских родов, фамилия Гайнитдиновы не обязательно указывает на дворянство — она могла закрепиться и в среде служилых людей, купцов или крестьян, принявших православие.

Географически фамилия чаще всего встречается в регионах с компактным проживанием татар и башкир: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречаются написания с двойным «н» (Гайнитдинов) и реже через «е» (Гайнетдинов), что отражает диалектные колебания в произношении имени.

Фамилия Гайнитдиновы — не просто родовое прозвище, а памятник восточной письменности и культуры, в котором сплелись арабский язык, тюркская традиция имянаречения и русская модель фамилии.