Фамилия Гайнутдинова имеет тюркское происхождение и образована от мужского имени Гайнутдин, которое, в свою очередь, состоит из двух основ. Первая из них — арабское мужское имя Гайн, имеющее несколько значений: «глаз»; «родник, источник»; «точный, истинный»; «самый лучший, избранный, дорогой». Вторая часть имени восходит к слову «ад-Дин» и переводится как «подлинно верящий». Вероятно, родители, нарекая ребёнка именем Гайнутдин, желали своему сыну стать достойным мусульманином. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Гайнутдиновых можно лишь на основании генеалогических исследований.