Фамилия Гефнейдер — редкий пример немецкой фамилии-гибрида, в основе которой лежат два корня. Чаще всего её разбирают как сложение слов Hefe («дрожжи») и Neider («завистник»). Правдоподобнее, однако, что Hefe здесь не прямое указание на зависть к дрожжам, а метафора: в южнонемецких диалектах дрожжи ассоциировались с брожением, ссорой или неспокойным характером. Таким образом, прозвище Гефнейдер могли дать человеку вздорному, «кипучему», который вечно недоволен и затевает распри.

Встречается и альтернативная версия — от слов Hafner («горшечник») и Eid («клятва»). Но она менее убедительна: Hafner дал бы фамилию Хафнер или Гефнер, а не Гефнейдер, и конструкция с «клятвой горшечника» выглядит искусственно склеенной. Скорее всего, перед нами именно прозвищное имя по черте характера, а не по профессии.

Суффикса в русском понимании у фамилии нет — это чистая немецкая композита, где первая часть описывает качество, а вторая указывает на носителя этого качества. Подобные фамилии (Sauerteig, Bierhefe) встречаются в Баварии и Австрии, но Гефнейдер остаётся единичной и территориально не привязанной к конкретному региону. В России она появилась, скорее всего, с переселенцами XVIII–XIX веков, но в массовых списках колонистов почти не фиксируется — возможно, из-за редкости или поздней русификации написания.