Фамилия Гегина — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором: от какого имени или прозвища её образовали? По модели образования это типичная русская фамилия с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Гегин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Гега. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно крепится к основам, оканчивающимся на -а или -я, что здесь и происходит.

Самый вероятный источник — краткая форма одного из крестильных имён. В народной речи имена Георгий, Егор или Егорий часто сокращали до Гоги, Гоши, а также до Геги. Форма Гега могла возникнуть как ласковое или обиходное обращение к Егору. В этом случае фамилия Гегина означает «принадлежащая Геге», то есть потомку Егора. Менее распространённая, но возможная версия — связь с именем Геннадий, которое в просторечии давало формы Гена, Гега. Оба варианта укладываются в традиционную модель образования русских фамилий от уменьшительных форм календарных имён.

Есть и более редкая гипотеза, которую стоит упомянуть лишь для полноты: прозвище Гега могло произойти от диалектного слова «гега» — так в некоторых говорах называли человека с заметной походкой вразвалку или неуклюжего. Однако эта версия существенно уступает первой по распространённости: подавляющее большинство фамилий на -ин в русском языке восходит к личным именам, а не к прозвищам с неочевидной мотивацией.

Фамилия Гегина не относится к числу широко распространённых. Встречается она преимущественно в центральных и южных областях России, а также на Украине, что косвенно подтверждает её связь с именем Егор — особенно популярным в крестьянской среде XIX века. По сословной принадлежности предки носителей фамилии скорее всего были крестьянами или мещанами: фамилии на -ин от обиходных форм имён характерны именно для этих слоёв, а не для дворянства.

Интересно, что у фамилии есть параллельная мужская форма — Гегин, от которой женская Гегина образована по обычному правилу. Встречаются также варианты с ударением на первый или второй слог: Ге́гина и Геги́на. Оба ударения фиксируются в современных документах, но исторически более вероятно ударение на второй слог, как у большинства фамилий на -ин от основ с гласной в корне.