Фамилия Гельшерт — редкий пример немецкого прозвища, перешедшего в наследственное имя. Она образована напрямую от прозвища, а не от названия профессии через стандартные суффиксы, что необычно для русских фамилий немецкого происхождения. В основе лежат два корня: Giel (по-немецки «молодой козел») и scheren («стричь», «срезать», а также «рыскать» или «заботиться»). Скорее всего, первого носителя так прозвали за конкретное занятие — стрижку коз или заготовку козьей шерсти. Не исключён и переносный смысл: в немецких диалектах scheren могло означать «суетиться, хлопотать», тогда прозвище характеризовало человека беспокойного или заботливого.

Сама модель — сращение двух слов в одну фамилию — типична для немецкой ономастики, но в России такие фамилии встречаются редко, чаще в среде поволжских немцев или переселенцев XVIII–XIX веков. Если предки Гельшерт оказались в Российской империи, их прозвище могли записать на слух, отсюда возможны варианты написания: Гельшерт, Гельшерд или Гельшер. Поскольку фамилия не получила русских суффиксов (-ов, -ин), она сохранила исходную немецкую форму, что указывает на относительно позднее появление в русском быту — скорее всего, в XIX веке, когда фамилии фиксировали уже без переделки.

Однокоренных фамилий в русском языке нет, но в немецком встречаются Gelscher, Gielscher. Спорных версий немного: иногда Giel связывают с «желтый» (gelb), но это менее вероятно — сочетание «желтый стригаль» не даёт ясного прозвища. Правдоподобнее всего версия с козлом и стрижкой: она проще и объясняет, кем мог быть предок — пастухом, стригалем или торговцем козьей шерстью.