Фамилия Гемуева, скорее всего, восходит к абхазскому слову «гемуа» — «генуезец». Так на Кавказе называли выходцев из Генуи, портового города на севере Италии, расположенного на берегу Генуэзской бухты в Лигурийском море. Генуэзские купцы торговали со многими средиземноморскими странами; некоторые из них впоследствии осели в Крыму и на черноморском побережье Кавказа. Вероятно, один из них и стал основателем рода Гемуевых.

Фамилию образовали по русской модели: к основе Гемуй (прозвище или бытовое имя) добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?»). Окончание -а — это женская форма, поэтому Гемуева — это, строго говоря, «жена или дочь Гемуя». Такой тип фамилий типичен для регионов, где русская антропонимическая система наложилась на местные прозвища и имена, в том числе на Северном Кавказе и в Закавказье.

Слово «гемуа» в абхазском языке — не местное, а заимствованное. Абхазы так называли всех генуэзцев, которые в XIII–XV веках активно осваивали черноморское побережье: строили фактории, крепости (например, Сухум-Кале) и торговали с горскими народами. Со временем прозвище Гемуй могли дать человеку, который внешне или по роду занятий напоминал итальянца, либо тому, кто побывал в генуэзских колониях.

Встречается и другое объяснение: фамилию иногда связывают с адыгским (черкесским) словом «гъэмэ» — «бережливый, экономный». Но эта версия менее убедительна: во-первых, слово «гемуа» исторически зафиксировано именно в значении «генуезец», во-вторых, фамилия Гемуева распространена прежде всего у абхазов и абазин, а не у адыгов.

География фамилии сегодня — в основном Абхазия, Краснодарский край и Карачаево-Черкесия. Встречаются носители и в других регионах России, но это уже результат миграций XX века. Точное время появления фамилии назвать сложно: процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных имен шёл на Кавказе неравномерно, часто вплоть до начала XX века.