Фамилия Гемуа — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она не имеет славянских корней, а связана с языками Кавказа. Наиболее вероятная версия — грузинское происхождение. В грузинском языке есть слово «гема» (ღემა), означающее «вкус» или «смак», а также «удовольствие». Суффикс -уа (-უა) — типичный для западногрузинских (мегрельских) фамилий, указывающий на принадлежность к роду или местности. Таким образом, Гемуа могла означать «вкусный» или «приятный» в переносном смысле — прозвище человека с хорошим характером, либо того, кто занимался приготовлением пищи, дегустацией.

Менее вероятная, но возможная версия — абхазское происхождение. В абхазском языке корень «гəма» (гəыма) означает «глухой» или «немой». В этом случае фамилия могла возникнуть как прозвище глухого человека. Однако для абхазских фамилий более характерны окончания -ба, -ипа, -ва, а -уа встречается реже, что делает грузинскую гипотезу более убедительной.

Фамилия не имеет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), поэтому она не могла возникнуть на русской почве. Встречается она в основном в Абхазии и Грузии, а также среди потомков выходцев оттуда. В России её носители — это, как правило, люди с кавказскими корнями, чьи предки переселились в другие регионы в XX веке. Сословной принадлежности предков по одной фамилии определить невозможно: среди Гемуа могли быть и крестьяне, и князья — грузинские фамилии на -уа встречаются в разных слоях общества.