Фамилия Гендарис — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение, скорее всего, не русское, и разобраться в нём помогает не столько привычная модель «отчество от имени», сколько география и языковые параллели.

Наиболее вероятная версия — литовское или жемайтийское происхождение. В литовском языке есть слово gendaras — так называли красный сандал или растение с яркой древесиной, а также краситель, который из него получали. Прозвище Гендарис могли дать либо красильщику, либо человеку с рыжими волосами или красноватым цветом лица — по ассоциации с цветом. Суффикс -ис в литовских фамилиях (как в фамилиях Гендрис, Гендрутис) — типичный патронимический или прозвищный показатель, соответствующий русскому -ов. Таким образом, Гендарис означает «сын (или потомок) Гендараса».

Вторая версия, менее убедительная, выводит фамилию из греческого γεννάδας (gennadas) — «благородный, родовитый». Но для русского ареала эта гипотеза слаба: нет исторических свидетельств массового появления греческих фамилий на -ис у крестьян или мещан, а в дворянской среде такая форма не зафиксирована. Скорее всего, это случайное созвучие.

Фамилия Гендарис — яркий пример балтийского следа в ономастиконе западных регионов бывшей Российской империи. Носители такой фамилии — вероятные потомки литовских или белорусских ремесленников, занимавшихся окраской тканей или кож. Встречается она и сегодня, но крайне редко, сосредоточена в основном в Литве и на северо-западе Беларуси.