Фамилия Гендергуноев — редкая и нестандартная для русского слуха. Её происхождение почти наверняка связано с Северным Кавказом, а точнее — с чеченской или ингушской средой. Основа «Гендергуно» или «Гендергун» — это, скорее всего, топоним или название тейпа (родовой общины). В чеченском языке есть слово «гендарг» или «гендаргной», которое может обозначать как определённую местность, так и родовое имя. Суффикс «-ев» — типичный русский патронимический формант, который в XIX–XX веках массово добавляли к горским фамилиям при записи в официальные документы (метрики, ревизские сказки). Таким образом, Гендергуноев — это «из рода Гендергуной», то есть потомок человека, принадлежавшего к этой группе.

Сама основа «Гендер» может восходить к тюркскому или кавказскому корню, связанному с понятием «широкий», «просторный» (ср. тюркское «ген» — широкий, «дер» — место), или же к чеченскому «гендар» — «рукав реки», «протока». Вторая часть «-гун» — распространённый чеченский суффикс, образующий названия тейпов и фамилий, обозначающий принадлежность (например, Аллергун, Цечойгун). Поэтому исходное родовое имя могло означать «живущие у широкой протоки» или «люди из местности Гендер».

В отличие от многих русских фамилий, которые строятся от имени или прозвища первого носителя, Гендергуноев — это фамилия-указатель на родовую общину. Предки её носителей, вероятно, не имели индивидуального прозвища, а называли себя по месту жительства или по названию тейпа. Это типично для горских обществ, где родовое имя было важнее личного. Встретить такую фамилию можно почти исключительно у чеченцев и ингушей, а также в их диаспорах. В русском языке она сохранила редкую для славянской ономастики конструкцию: длинный корень, не разложимый на привычные «Иван-ов» или «Кузнец-ов», и суффикс, который лишь оформляет её по русской грамматической модели.