Фамилия Гендеров — редкий случай в русской ономастике, где за, казалось бы, иностранным звучанием скрывается вполне местная, прозрачная основа. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не имеет отношения к английскому «gender» (род). Основа фамилии — просторечное диалектное слово «гендерь», которое в ряде южнорусских и украинских говоров означало «пень», «чурбан», «короткий обрубок дерева». В переносном смысле так могли назвать человека невысокого роста, коренастого, плотного, либо, с иронией, упрямого и бестолкового.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Гендеров, то есть сын или потомок Гендера. Так как в основе лежит прозвище, а не крестильное имя, фамилия относится к типичным «прозвищным» и говорит о внешности или характере первого носителя. Встречается она преимущественно в областях, граничащих с Украиной: Курской, Белгородской, Воронежской, а также в Ростовской области, что подтверждает южнорусскую диалектную природу слова.

Существует и альтернативная, но менее вероятная версия, связывающая фамилию с немецкой фамилией Gendere или Gendert, которую могли принести в Россию мастера или колонисты. Однако в пользу исконного происхождения говорит не только география распространения, но и наличие однокоренных русских фамилий с тем же корнем — Генделев, Гендин, Гендлер. Все они восходят к одному и тому же диалектному «гендерь» или его вариантам. Таким образом, предки Гендеровых, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками из южных губерний, а их прозвище, легшее в основу фамилии, метко описывало внешность или нрав родоначальника.