Фамилия Генджоян — типичный пример армянской фамилии, образованной патронимическим суффиксом -ян. Эта модель означает «из рода» или «потомок» того, чьё имя или прозвище лежит в основе. В данном случае основа — Гендж (или Гендже). Сразу обращает на себя внимание ударение: в русском бытовании фамилию чаще произносят с ударением на последний слог (Генджоян), что характерно для восточноармянских фамилий, в то время как западноармянский вариант мог бы звучать иначе.

Корень «Гендж» восходит к армянскому слову «гандз» (գանձ), что означает «сокровище», «клад». В тюркских языках, с которыми армяне исторически соседствовали, есть схожее слово «genc» (молодой, юный), но для армянской ономастики версия с «сокровищем» выглядит убедительнее: прозвище Гендж могли дать либо человеку, нашедшему клад, либо тому, кого в семье считали бесценным, дорогим — как «сокровище». Не исключено и происхождение от личного имени Гендж, которое встречается в средневековых армянских источниках.

Суффикс -ян, а не более привычный для восточных армян -янц (с ц), указывает на то, что фамилия закрепилась в форме, свойственной поздним армянским фамилиям, которые активно формировались в XIX веке после присоединения Восточной Армении к Российской империи. Тогда многие фамилии упрощались до коротких форм на -ян. В Западной Армении (территория современной Турции) чаще сохранялся суффикс -янц, поэтому Генджоян — скорее всего фамилия из Восточной Армении или из среды армян, переселившихся на юг России, в частности в Краснодарский край или Ростовскую область, где таких фамилий много.

Фамилия редкая и не относится к числу массовых армянских. Встречается в основном у армян, чьи предки происходят из исторических областей Васпуракан или Сюник, но без генеалогического исследования конкретной семьи точнее сказать нельзя. Социальный состав носителей разнороден: среди Генджоянов встречаются и крестьяне, и горожане, и известные в диаспоре деятели, но в целом фамилия не несёт сословной окраски.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то можно вспомнить Гандзян (от того же «гандз») — более распространённый вариант, а также Генджян, где основа та же, но без соединительной гласной. Разница в написании (Генджоян vs Генджян) могла возникнуть из-за особенностей диалекта: в некоторых говорах между корнем и суффиксом вставляли гласный для благозвучия.