Фамилия Герзелиев образована по типичной для Кавказа модели: к основе прозвища Герзели добавили русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность («сын Герзели»). Само прозвище Герзели, скорее всего, восходит к названию села Герзель (известного также как Гезал-Ойла) в Гудермесском районе Чеченской республики, на берегу реки Аксай.

Связь фамилии с этим топонимом неслучайна. Село Герзель с давних времен славилось мастерами-оружейниками и кузнецами. В чеченском языке слово «герз» означает «оружие», что прямо указывает на причину возникновения названия поселения. Выходец из этого села, скорее всего, искусный кузнец или оружейник, получал прозвище Герзели — «тот, кто из Герзеля» или «оружейник». Со временем это прозвище закрепилось за его потомками как фамилия.

Встречаются фамилии и с другим окончанием — Герзелиев и Герзелиев. Разница в написании (через «е» или «и» после «л») часто связана с особенностями передачи чеченских звуков на письме или с местными диалектными вариантами произношения. Оба варианта восходят к одному корню и означают одно и то же.