Фамилия Гежей — редкий случай, когда объяснение лежит не в славянской, а в тюркской или иранской языковой среде. В русском языке она выглядит как застывшая форма родительного или творительного падежа, но на самом деле это искажённое прилагательное или прозвище, пришедшее с Кавказа или из Поволжья.

Основа фамилии — слово «гез» или «кёз», что в тюркских языках означает «глаз». В диалектах встречается форма «гезей» — «глазастый», «зоркий». Суффикс -ей в данном случае — не русский уменьшительный, а тюркский аффикс обладания, как в фамилиях Кузей, Гусейнов. Со временем, при записи в русских документах, к основе добавили окончание -ж, превратив «Гезей» в «Гежей»: так писарь передал на слух гортанное произношение.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с иранским «гадж» (олень, горный козёл) или с адыгским «гъэжъ» (старый, почтенный). В этом случае фамилия могла означать «потомок старца» или «охотник на оленей». Однако тюркская этимология выглядит убедительнее: она объясняет и звучание, и географию — носители фамилии Гежей встречаются в основном среди татар, башкир и народов Дагестана.

По суффиксальной модели фамилия не вписывается в классический русский ряд на -ов/-ин. Она относится к так называемым «нестандартным» фамилиям, которые пришли в метрики уже в готовом виде, без русификации. Это говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, были не крепостными крестьянами центральной России, а вольными людьми — казаками, торговцами или горцами, которые перешли на русское делопроизводство в XIX веке.

В современной России фамилия остаётся малочисленной. Её носители сосредоточены в Краснодарском крае, Ростовской области и в Татарстане. Встречается также вариант написания «Гежев» — это уже попытка адаптировать необычную основу под привычный русский патроним.