Фамилия Гильскер — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор сразу уводит за пределы славянской модели. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, окончание -ер указывает на иноязычное происхождение, скорее всего, из идиша или немецкого языка. Такая модель типична для ашкеназских еврейских фамилий, которые активно формировались в XIX веке на территориях Российской империи и Австро-Венгрии.

Основа «Гильск-» — это, вероятнее всего, топонимический корень. Фамилии на -ер часто указывали на выходца из конкретного места. Можно предположить связь с названием населённого пункта Гильск (Gilsk) или Гилски (Gilsky), которые встречаются в исторических документах на землях современной Польши, Беларуси или Украины. Например, в Гродненской губернии существовало местечко Гильск, или деревня с похожим названием. Тогда Гильскер — это «тот, кто из Гильска», по аналогии с варшавскими Варшавер или ковенскими Ковнер.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная, связывает фамилию с немецким словом Gilde (гильдия, цех) или личным именем Гильд (Gild). Однако суффикс -ер в таком случае дал бы скорее Гильдер, а не Гильскер. Поэтому топонимическая версия выглядит убедительнее: фамилия закрепилась за человеком, который переехал из селения Гильск в другой город и получил прозвище по месту прежнего жительства.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Гильскер в XIX — начале XX века относились к еврейскому мещанству или купечеству, часто проживали в черте оседлости — в западных губерниях России. География бытования фамилии сегодня размыта: после эмиграционных волн конца XIX и XX веков Гильскеры встречаются в Израиле, США, Германии и в меньшей степени в России. В современной России фамилия остаётся крайне редкой, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — каждый носитель, скорее всего, связан с небольшой группой предков из одного региона.