Фамилия Гинендлина — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит не славянское, а еврейское имя или прозвище. Суффикс «-ин» указывает на модель образования от личного имени или прозвища, оканчивающегося на согласный или «-а»/«-я». В данном случае основа — «Гинендл» (или «Гинендель»).

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с еврейским женским именем Гинендл (Гинда, Гиндель). Это имя — вариант произношения имени Гинда, которое в свою очередь является формой имени Гиндель (в идише — «Гине», уменьшительное от «Гинда»). Имя Гинда восходит к древнееврейскому слову «гина» — «сад». Таким образом, фамилия Гинендлина могла означать «дочь (или жена) Гинендла» — то есть указывать на принадлежность к женщине с таким именем. В еврейской традиции фамилии часто образовывали от имени матери, особенно в семьях, где мать была главой дома или её имя было более значимым.

Вторая, менее вероятная версия — связь с мужским именем Гинендл (вариант имени Гиндель, мужская форма от Гинда). В таком случае фамилия означала бы «потомок Гинендла». Однако в ашкеназской ономастике женские имена в основе фамилий встречаются чаще, чем кажется, и суффикс «-ин» здесь работает так же, как в русских фамилиях от женских имён (например, Марьин, Катин).

Географически фамилия тяготеет к территории бывшей черты оседлости — западным губерниям Российской империи, в частности к Беларуси, Украине, Литве и Польше. Встречаются варианты написания: Гинендлин, Гинендель. В современной России фамилия остаётся крайне малочисленной, что подтверждает её локальное, семейное происхождение. Анализ корня «Гинендл» не оставляет сомнений: перед нами типичная ашкеназская фамилия, образованная от библейского по корню, но бытового по употреблению имени.