Фамилия Гинеева — редкий пример, где женская форма прочно закрепилась в обиходе, хотя по правилам русского языка её следовало бы произносить как Гинеев. На письме она почти всегда встречается именно с окончанием -а, что говорит о поздней фиксации фамилии в документах: в советских паспортных столах женскую форму часто записывали как основную для всей семьи, если главой двора была женщина.

Корень фамилии — Гиней. Это либо тюркское мужское имя (например, от татарского «гина» — «верность», «искренность»), либо прозвище, образованное от диалектного глагола «гине́ть» — «гнить, портиться, разрушаться». Вторая версия менее вероятна, но не исключена: в северных и сибирских говорах так могли назвать неряшливого или медлительного человека.

Суффикс -ев указывает на модель образования от имени или прозвища на -ей: Гиней → сын Гинея → Гинеев. Фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу — регионам, где смешивались русские и тюркские антропонимы. Встречается у татар, башкир и русских, часто с неразличимым написанием в архивах (Гинеев/Гинеева).

Сравнение с однокоренными фамилиями (Гинин, Гиневский) показывает, что основа «Гин-» могла быть и от имени Гинна (сокращение от Евгений или Геннадий), но в случае с Гинеевой ударение на последний слог и окончание -ей выдают именно тюркское происхождение. В дореволюционных метриках эта фамилия почти не встречается — её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами, не имевшими наследственного дворянства.