Фамилия Гинеев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить случайные или единичные варианты, наиболее вероятная версия ведет к тюркскому имени Гин (Гиней). В татарском и башкирском именословах встречается мужское имя Гин, которое могло быть сокращением от более длинных арабо-персидских имен с корнем «гин» (например, от слова «гина» — богатство, изобилие). Суффикс -еев указывает на русскую модель образования фамилий от отчества: Гиней — сын Гинея, а значит, и потомок человека по имени Гин.

Менее распространенная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем «Гиня». В русских диалектах слово «гиня» могло означать нечто гнилое, трухлявое, испорченное, но такое прозвище давали не в обиду, а по внешнему сходству или по занятию — например, человеку, который работал с гнилым лесом или старыми вещами. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -еев чаще присоединяется к именам на -ей (Андрей → Андреев, Тимофей → Тимофеев), а не к прозвищам на -я.

Географически фамилия Гинеев встречается в Поволжье и Приуралье, особенно среди татар, башкир и русских, издавна живших по соседству с тюркскими народами. В этих краях фамилии на -еев от тюркских имен — обычное дело (сравните: Алиев, Юнусов, Ибрагимов). Поэтому предки современных Гинеевых, скорее всего, были крещеными татарами или башкирами, либо русскими, получившими фамилию по отцу, носившему тюркское имя. Сословно это могли быть государственные крестьяне или служилые люди, но точных данных нет.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых документах её могли фиксировать как Гинеевъ, а в разговорной речи — с ударением на второй или третий слог. Единого устоявшегося варианта нет, что тоже говорит о локальном, а не общерусском бытовании.