Фамилия Гинис — редкий случай в русском ономастиконе, где славянская по форме фамилия, скорее всего, имеет неславянское, балтийское происхождение. Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ис (аналог -ов/-ев в белорусской и литовской традиции), то в основе лежит корень «гин-». В литовском языке слово gynis означает «защита» или «оборона», а ginti — «защищать». Таким образом, прозвище Гинис могли дать человеку, который был защитником, стражем, либо тому, кто прославился умением отстаивать свои интересы или оборонять поселение.

Суффикс -ис указывает на то, что фамилия оформлена по белорусской или литовской модели, которая была распространена на землях бывшего Великого княжества Литовского (современные Беларусь, Литва, западные области России). В русской среде такой суффикс воспринимался как «чужой», поэтому фамилия могла подвергнуться русификации: в документах XIX века писали «Гинисов» или «Гинин», но исходный вариант закрепился в краткой форме. Встречаются и варианты написания через «ы» — Гынис, что может быть связано с особенностями местных говоров или ошибками писарей.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с греческим именем Геннадий (в просторечии Гина) или с еврейским именем Гинда, но для этого нет убедительных доказательств — фамилия слишком редка и географически привязана к западнорусским землям, где балтийский след сильнее.

Сословная принадлежность носителей фамилии не прослеживается: Гинисы встречались и среди крестьян Виленской губернии, и среди мещан. Поскольку фамилия не имеет аристократического суффикса (-ский) и не является типично дворянской, её носители, скорее всего, были простыми людьми — защитниками в самом прямом смысле, возможно, сторожами, лесниками или воинами в ополчении. В современном мире фамилия остаётся редкой, что делает её носителя обладателем уникального ономастического артефакта — балтийского имени, вшитого в русскую фамильную форму.