Фамилия Гирниус — редкий случай, когда фамилия почти наверняка не имеет славянских корней, а пришла из другого языка и была адаптирована на русской почве. Скорее всего, перед нами латинизированная или полонизированная форма немецкой или балтийской фамилии. Суффикс -ус — верный признак того, что фамилию «облагородили» на латинский манер, что было распространено в среде образованных людей Речи Посполитой, особенно среди пасторов, врачей, учителей. Так, немецкая фамилия Гирн (Hirn — «мозг», «голова» или «рог») могла превратиться в Гирниус при записи в метрических книгах или при поступлении в университет.

Есть и другая, более конкретная версия. Фамилия может происходить от литовского или жемайтского корня girn- (в значении «жернов», «мельница»). В этом случае Гирниус — это латинизированная форма литовской фамилии Гирнас или Гирнис. Предок-носитель мог быть мельником или жить у мельницы. Литва и историческая Жемайтия — регион, где фамилии с окончанием на -ус встречаются особенно часто, так как латынь была языком католической церкви и документов.

Третья, менее вероятная версия, связывает фамилию с немецким Hirt или Hirte («пастух»), но переход t в n в таком случае нехарактерен и труднообъясним без промежуточных форм. Поэтому версия с «жерновом» или «головой» (как прозвищем умного человека) выглядит убедительнее.

Географически фамилия Гирниус тяготеет к западным губерниям Российской империи — бывшим землям Великого княжества Литовского. Встречается она и среди потомков остзейских немцев, и среди полонизированной шляхты, и среди литовских крестьян, получивших фамилию при отмене крепостного права. Носители фамилии могли быть лютеранами или католиками, а не православными, что тоже отличает её от типичных русских фамилий на -ов и -ин.

В написании возможны варианты: Гирниус, Гирниус, Гирниусь (с мягким знаком в польской записи). В дореволюционных документах фамилию могли писать через латиницу — Hirnius. Точного значения без знания семейной легенды не установить, но в любом случае это фамилия искусственная, книжная, а не уличное прозвище, и её носитель в прошлом почти наверняка был грамотным человеком — священником, учителем или писарем.