Фамилия Гижунов образована от прозвища или имени Гижун. В основе лежит южнорусское или украинское слово «гиж» — так в некоторых говорах называли грыжу, болезненное вздутие живота, а также нечистую силу, беса. Соответственно, Гижуном в народе могли прозвать либо человека, страдающего грыжей, либо, что вероятнее, беспокойного, суетливого или злого человека — того, кого считали «бесноватым». Прозвища по болезням и физическим недостаткам в русской среде давали не столько для унижения, сколько для точной идентификации: «Гижун» — тот, у кого гижа, и это сразу выделяло его среди односельчан.

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов присоединили к основе на твердый согласный, получив типичное притяжательное прилагательное со значением «сын Гижуна» или «потомок Гижуна». Фамилия редкая, сосредоточена преимущественно в южных регионах России и на востоке Украины — там, где бытовала лексема «гиж». В центральных и северных областях корень почти не встречается, что делает фамилию локальным маркером: по ней можно предполагать происхождение предка из зоны курско-орловских или донских говоров.

Примечательно, что у фамилии нет очевидной связи с крестьянским ремеслом или социальным статусом — она чисто прозвищная, по личной характеристике. В дореволюционных переписях Гижуновы встречаются в основном среди государственных крестьян и однодворцев. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже говорит о её простонародном корне.