Фамилия Глиер — редкий случай, когда корень не поддаётся однозначной славянской этимологии. В ней нет привычного суффикса -ов, -ин или -ский, а основа звучит на иноязычный лад. Скорее всего, это германская или французская фамилия, попавшая в Россию вместе с носителями.

Самая вероятная версия — происхождение от немецкого слова glühen (пылать, раскаляться) или Glut (жар). В таком случае Глиер — это вариант фамилии Глюэр (Glüher), которую могли дать человеку, работавшему у печи или горна: кузнецу, стеклодуву, плавильщику. Альтернативная, но менее убедительная гипотеза возводит фамилию к французскому glaire (белок, слизь) — такое прозвище могло относиться к внешности или характеру, но это скорее народная этимология, не подкреплённая ономастическими словарями.

В русском контексте фамилия Глиер известна прежде всего благодаря композитору Рейнгольду Глиэру (1875–1956), чей отец был немецким подданным, переехавшим в Россию. Его фамилия писалась через «э» — Глиэр, но в бытовом произношении и некоторых документах закрепился вариант с «е». Это типичный для XIX века случай: немецкие фамилии на -er при записи в метрических книгах часто русифицировали, меняя окончание или гласную, чтобы они звучали привычнее для русского уха.

Географически фамилия привязана к западным губерниям Российской империи — Киевской, Волынской, а также к Прибалтике, где оседали немецкие колонисты и ремесленники. Встречается она и в среде польской шляхты, но там, скорее всего, имеет ту же немецкую основу, занесённую через смешанные браки или переселения.

Отсутствие типичных русских суффиксов указывает на то, что носители фамилии не были крестьянами, получившими фамилию от помещика или по отцу. Глиер — это, скорее всего, фамилия городского сословия: мастеровых, аптекарей, музыкантов или мелких чиновников, сохранившая оригинальное написание вплоть до XX века.