Фамилия Глимаков — один из тех случаев, когда корень настолько редок, что сразу уводит в область прозвищ, а не крестильных имён. В её основе лежит слово «глимак» или «глимака». В русских говорах, особенно северных и сибирских, так называли человека невысокого роста, щуплого, а иногда и просто невзрачного, неказистого. Слово это звукоподражательное или образованное от «глимать» — гнуться, пригибаться, кособочиться. В словаре Даля «глимак» зафиксирован именно в значении «малорослый, тщедушный человек».

Суффикс -ов в фамилии указывает на стандартную русскую модель: Глимак — сын Глимака, то есть Глимаков. Первоначально это было отчество, которое закрепилось за потомками. По сословному составу носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей: прозвища, данные по внешности, были особенно распространены в среде, где фамилии складывались стихийно, без участия духовенства. Дворянские роды с таким корнем не встречаются.

Интересно, что фамилия Глимаков практически не имеет однокоренных параллелей вроде Глимакин или Глимацкий — это говорит о её узколокальном происхождении. Скорее всего, она возникла в одном из северных регионов или на Урале, где диалектная лексика сохранялась дольше. Фамилия редкая, и её носители, вероятно, восходят к одному общему предку, которого когда-то прозвали Глимаком за малый рост или сутулость.

Альтернативная версия — связь с тюркским «клымак» (разбойник, налетчик) — маловероятна из-за полного несовпадения фонетики. Русское «гл-» в начале слова для тюркских заимствований нехарактерно. Поэтому основная и единственная серьёзная гипотеза — прозвищная, от диалектного «глимак».