Фамилия Глонини — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Если отбросить маловероятные экзотические версии, наиболее правдоподобное объяснение лежит в области прозвищ, связанных с особенностями речи или поведения.

В основе фамилии — древнерусский глагол «глонить» или «глониться». В диалектах он имел значение «нагибаться, сгибаться, клониться к земле», а также «шататься, качаться». Отсюда легко могло возникнуть прозвище Глоня — для сутулого, сгорбленного человека или для того, кто ходит вразвалку, нетвёрдой походкой. Суффикс -ини в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Глонинин, то есть сын, потомок Глони. Со временем окончание редуцировалось до формы Глонини, что характерно для некоторых регионов, где фамилии на -ин могли произноситься и писаться с конечным -и.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «глониться» в значении «насмехаться, глумиться». В этом случае прозвище Глоня мог получить острый на язык, язвительный человек. Третья, самая слабая версия — происхождение от редкого канонического имени Глон (сокращение от Гликерий или Агафон), но письменных подтверждений такому имени в святцах нет.

Географически фамилия Глонини тяготеет к северным и центральным областям России, где диалектная лексика сохранялась дольше. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был крестьянином или ремесленником, получившим уличное прозвище по внешней примете или манере поведения. Какого-то особого социального статуса или дворянского происхождения у этой фамилии не прослеживается — она из числа тех, что образованы от живого народного слова.