Фамилия Гнебедюк — яркий пример украинской модели образования фамилий. Ключ к её пониманию — суффикс -юк, который в украинской ономастике указывает на происхождение от отца или предка. Гнебедюк — это буквально «сын Гнебедя». А вот с самим словом Гнебедь сложнее: это не распространённое имя, а скорее прозвище, и его значение — предмет спора.

Самая вероятная версия связывает Гнебедя с диалектным украинским словом «гнибiдь» — так в некоторых регионах называли гниль, труху, нечто испорченное или размягчённое. Прозвище Гнебедь могло закрепиться за человеком с вялым, медлительным характером, либо за тем, кто выглядел болезненно, бледно. Впрочем, не исключено, что прозвище носило ироничный или охранительный характер: в народной культуре часто давали «плохое» имя, чтобы отвести от ребёнка злые силы.

Менее убедительна, но тоже возможна версия о связи с польским «gnieść» (мять, давить) или белорусским «гнясці» (гнести). В таком случае прозвище могло относиться к человеку угрюмому, «гнетущему» своим видом, либо, наоборот, к тому, кто занимался давлением чего-то — например, выжимкой сока или масла. Но эта гипотеза слабее, так как не объясняет характерного украинского звучания основы.

Географически фамилия Гнебедюк тяготеет к западным регионам Украины — Волыни, Подолью, Галичине, где суффикс -юк особенно распространён. Встречаются и однокоренные варианты: Гнебедь, Гнебеда, Гнибедюк. Последний вариант, с буквой «и», возможно, более точно передаёт диалектное произношение и укрепляет связь с «гнилью».

Сословно носители этой фамилии относились к крестьянству или казачеству — в реестрах XVII–XVIII веков такие прозвища часто фиксировались у простых людей. Дворянских родов с фамилией Гнебедюк не известно, что подтверждает её народное происхождение. Таким образом, предки современного Гнебедюка — скорее всего, украинский крестьянин или ремесленник, получивший своё прозвище за внешность или нрав, а потом передавший его детям уже как родовое имя.