Фамилия Гнущева — женская форма фамилии Гнущев, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем, от которого она образована. В основе фамилии лежит древнерусское слово «гнус», которое в разных диалектах имело два основных значения: мелкое кровососущее насекомое (мошкара, комарьё) и, в переносном смысле, нечто мерзкое, отвратительное, гадкое. Прозвище Гнус или Гнуща могли дать человеку с неприятным характером, брезгливому, либо, что не менее вероятно, — маленькому, назойливому, «кусачему» человеку, которого трудно прогнать. В народе прозвища, связанные с насекомыми, не всегда несли резко отрицательный оттенок: так могли называть и просто вертлявого, непоседливого ребёнка.

Словообразовательная модель фамилии указывает на её географическое происхождение. Суффикс -ев (а не -ов) в фамилии Гнущев характерен для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или шипящий (Гнущ-). Такое окончание чаще встречается в южнорусских и западнорусских говорах, в частности, на территории бывшего Рязанского княжества, а также в Смоленской, Брянской, Калужской областях. Фамилия Гнущев, а значит и Гнущева, могла возникнуть как отчество от прозвища Гнущ: «чей сын?» — «Гнущев», то есть сын Гнуща.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с глаголом «гнусить» (говорить в нос, гнусавить) или существительным «гнусь» (гнусавость). В этом случае прозвище Гнуща мог получить человек с гнусавым голосом. Однако в большинстве говоров форма «гнус» и её производные устойчиво ассоциировались именно с мошкарой и, как следствие, с неприятным, докучливым человеком. Фамилия редкая, не относится к числу распространённых, что говорит о локальном бытовании прозвища в одной или нескольких соседних местностях.