Фамилия Гнушин — редкий случай, когда прозвище закрепилось в форме, сохранившей глагольную основу почти без изменений. В её центре лежит древнерусское слово «гнусить» или «гнушаться», то есть испытывать отвращение, брезговать, а также говорить в нос, гнусавить. Человек, получивший прозвище Гнуша или Гнуш, мог быть либо брезгливым и разборчивым, либо говорить с характерным носовым оттенком. Второе значение встречалось чаще — в старых говорах «гнуша» означала именно гнусавого человека.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность «сын Гнуши» или «человек из семьи Гнуши». Это типичная «посессивная» фамилия, как Смирнов или Петров, только основа здесь не от крестильного имени, а от уличного прозвища. Такие фамилии обычно возникали в среде крестьян и посадских людей, где прозвище могло закрепиться за целым родом.

Любопытно, что фамилия Гнушин почти не встречается в центральных регионах России. По данным современных исследований, основные очаги — северные и северо-восточные области: Архангельская, Вологодская, Кировская. В говорах Русского Севера слово «гнуша» сохранилось дольше, чем в среднерусских диалектах, где его вытеснили более поздние формы. Это косвенно подтверждает, что фамилия могла возникнуть именно там, в среде поморских крестьян или ремесленников.

Иногда Гнушина пытаются вывести от польско-белорусского «гнус» (комар, мошкара) или от украинского «гнути» (гнуть). Но эти версии слабее: суффикс -ин в таком случае был бы нехарактерен для фамилий, образованных от названий насекомых, а связь с «гнуть» не даёт прозвища, которое бы естественно превратилось в Гнуша. Правдоподобнее всего именно прозвище по дефекту речи или по характеру.

Фамилия редкая, её носители не образуют многочисленных ветвей. В дореволюционных источниках Гнушины упоминаются в основном как крестьяне и мещане северных губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже говорит о её простонародном происхождении.