Фамилия Гнусин — это типичная русская «патронимическая» фамилия, образованная от прозвища с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Гнусин буквально означает «сын Гнуси» или «потомок Гнуси». Основа фамилии — прозвище Гнуся, и вот тут начинается самое интересное: у этого прозвища есть как минимум две версии происхождения, и обе имеют под собой серьёзные основания.

Первая версия связывает прозвище с глаголом «гнусавить» — говорить в нос, с неприятным призвуком. Человек с таким дефектом речи вполне мог получить прозвище Гнуся, которое затем закрепилось за его детьми. Эта версия лежит на поверхности, интуитивно понятна и хорошо вписывается в русскую традицию давать прозвища по физическим особенностям.

Вторая версия ведёт нас в польский язык, где слово gnus означает «лентяй», а gnusny — «ленивый, подлый». В этом случае прозвище Гнуся характеризовало не манеру речи, а натуру человека. Эта гипотеза не менее правдоподобна, учитывая давние и тесные контакты русского дворянства с польской культурой, особенно в западных и юго-западных землях.

Примечательно, что прозвище Гнус (и его варианты) встречается в документах XVI века среди знатных родов. В исторических источниках упоминаются Иван Иванович Гнус Долгорукий (середина XVI века) и князь Иван Федорович Гнуса Ромодановский (первая половина XVI века). Оба — представители высшей аристократии, что говорит о том, что прозвище не было уделом только простолюдинов и могло быть вполне «благородным». В случае с князем Ромодановским мы видим именно форму Гнуса, которая, скорее всего, и стала прямой основой для фамилии Гнусин. Таким образом, фамилия Гнусин могла возникнуть и в среде служилого сословия, а не только среди крестьян или посадских.