Фамилия Гнуса — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, без типичных русских суффиксов -ов, -ев или -ин. Она застыла в форме родительного или именительного падежа единственного числа, что сразу выдает её южнорусское или украинское происхождение: на этих территориях фамилии без суффикса (так называемые «усечённые» или «патронимы в чистом виде») встречаются гораздо чаще, чем на севере. В русском языке аналогичная модель дала бы «Гнусов» или «Гнусин», но здесь мы видим прямую фиксацию прозвища.

В основе лежит слово «гнус» — в диалектах им называли не только комаров и мошек, но и человека, который постоянно ноет, ворчит или придирается. В некоторых говорах «гнуса» (с ударением на последний слог) — это ещё и тот, кто говорит в нос, гнусавит. Таким образом, прозвище могло относиться к двум разным типам людей: либо к брюзге и сварливому человеку, либо к обладателю специфической манеры речи. Первая версия кажется более вероятной, потому что в старых документах фамилии от физических недостатков (вроде «Гнусавый») обычно образовывались через прилагательное, а не через существительное.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу России, а также к Украине и Белоруссии. Встречается она нечасто, и в дореволюционных справочниках почти не фиксируется среди дворянства или купечества — скорее всего, это крестьянская или казачья фамилия. Поскольку прозвище не было редким, однофамильцы Гнуса в разных губерниях не обязательно были родственниками: прозвище могло возникать независимо в каждой местности.

Любопытно, что в некоторых списках фамилия пишется через «о» — «Гноса», что указывает на акающее произношение (южнорусское или белорусское). Если ваши предки носили именно такой вариант, это дополнительный ключ к их региону: аканье характерно для Смоленщины, Брянщины, Черниговщины.